Gereja Santo Ignatius Magelang berdiri pada 10 September 1865, hal ini tercatat dalam buku pemandian pertama yakni pemandian atas nama Yoseph (4 th) dan sanisa (1th) putra Joanis Kumarurung dan Waivar yang bertimpat tinggal di Ambarawa.
Pada awal Maret tahun 1899 ada upaya akan dibangun sebuah gereja dengan membeli tanah pada tanggal 15 Juli 1899, namun tertunda karena Rm. F. Vogel jarus mendampingi para serdadu yang dikirim ke Lombok. Dan akhirnya baru pada tanggal 31 Juli 1989 dilakukan peletakan batu pertama tanda dimulainya pembangunan gereja. Dan pada tanggal 22 Agustus 1900 gereja difungsikan untuk pertama kalinya yakni untuk perayaan Ekaristi. Sedangkan pemberkatan gereja sendiri dilakukan pada tanggal 30 September bertepatan dengan Misa Koselebrasi yang di pimpin oleh Mgr. Luypen dari Batavia, sedang room Paroki saat itu adalah Rm. Heuvel SJ yang menggantikan RM. F. Vogel, SJ karena pulang ke negeri Belanda karena sakit.
Saat perang Asia Timur Raya pecah membawa dampak negative terhadap perkembangan gereja, termasuk Gereja ini karena banyak Romo yang dimasukkan kamp interniran. Setelah Jepang menyerah dan Indonesia menyatakan kemerdekaannya pada tanggal 30 Oktober 1945 gedung susteran di pergunakan sebagai markas oleh pasukan Inggris dengan pasukan Gurkha. Bahkan 1 hari kemudian terjadi peristiwa berdarah yakni sebanyak lima Romo, dua frater, satu bruder dan dua pemuda diculik sekelompok pemuda dengan tuduhan telah terjadi penembakan yang berasal dari pastoran. Mereka semua akhirnya dijatuhi hukuman mati dan dikubur dalam satu lubang, dan pada tanggal 4 Agustus 1950 jenasah mereka dipindahkan dan dimakamkan kembali di Kerkop Muntilan, bersama Rm. Sanjaya Pr dan Fr. H. Bouwens SJ.
Gereja ini berada di Jl. Laksda Yos Sudarso No. 6 Magelang dengan jadwal misa Harian Senin hingga Sabtu mulai pukul 05.30, Jumat pertama pada pukul 05.30, Adorasi Ekaristi sepanjang hari mulai pukul 17.00